À cause d'un envahisseur venu d'une autre dimension, MU, la ville de Tokyo se retrouve isolée. Un jeune homme de 17 ans, Kamina Ayato, est surpris par l'attaque d'un étrange chasseur. Bientôt, il rencontre une mystérieuse jeune fille, Mishima Reika... Ensemble, ils arrivent dans un temple souterrain situé dans la Baie de Tokyo où ils aperçoivent un énorme œuf en lévitation. Comme guidé par la voix de Reika, quelque chose naît de cet oeuf : le mystérieux géant RahXephon. Ayato s'empare de celui-ci, et bat Dolem, l'Arme Géante. Malheureusement, Ayato perd Reika durant le combat et reçoit un choc en apprenant que le sang de la mère qui l'a élevé est bleu.

Ayato s'échappe alors de Tokyo avec RahXephon, et pour la première fois, il découvre la vérité sur le monde qui l'entoure. Il se rend compte que Tokyo est dirigée par MU, un ennemi de l'Humanité. La personne qui a aidé Ayato à s'échapper appartient à l'organisation qui combat MU : Shitou Haruka, de la TERRA Intelligence. Ayato doit maintenant piloter RahXephon et lutter contre le monde dans lequel il était habitué à vivre, monde où vivent ses amis, ses voisins et sa mère...

Beaucoup pensent que RahXephon est un clone d'Evangelion ce que l'on peut penser en voyant les premiers épisodes. En effet, même si il est dans le même style, RahXephon est totalement différent. Le mecha ne représentent une partie plus que secondaire de l'animé.
Ici, on insiste pas mal sur les différents personnages ainsi que sur l'atmosphère mystique qui y règne. Même si la majeure partie des scènes sont consacrées à Ayato (normal, il est le héros), on n'hésite pas à s'attarder sur les autres personnages qui sont tout aussi complexes et attachants du fait en grande partie de leur design très soigné.
D'ailleurs une majeure partie des épisodes est consacrée à l'interaction entre Ayato et son environnement et c'est ce qui fait tout le charme de l'animé car cela donne un aspect fort humain à la série. De même, les méchas sont très originaux du fait peut-être de leur design, car ayant une tête de la forme d'un visage.
En plus, on est loin des combats de méchas habituels où c'est celui qui et le mieux armé qui remporte la victoire. Non, ici, tous les combats entres mecha se font de manière étrange, mystique (comme quand RahXephon créé un arc) où la meilleure arme destructive est le son produit par le méchas lui même. De plus, cet effet mystique avec MU, les croyances Mayas donnent encore plus d'intérêt à la série.
Un animé à voir, où l'on se laisse porter par l'intérêt que l'on donne aux personnages mais aussi par l'histoire très mystique mais dont le manque de diversité des épisodes ainsi que le manque de retournement de situation fait défaut.